从1966到1979年，是中国佛学院的教学工作全面停顿时期，在“文革”的浩劫中，在极左路线的摧残下，全国人民饱尝苦难和忧患，中国佛学院亦遭此劫难，被迫停办。
早在1965年，佛学院就已经面临很大的左的压力，许多课程不能正常进行，佛学课程多数停止。
1966年，随着文革的狂潮席卷过来，院领导被打倒，佛像被推倒，经书论著被焚毁。喜饶嘉措大师、周叔迦居士、正果法师、巨赞法师等老师、法师被批斗，所有的师生都被下放劳动或遣回原籍。于是，第一阶段的辉煌成为过去，中国佛学院的办学工作在无声中宣告停止。
停办整整14个年头，档案消失，资料丢失，课本散失，许多法师、学僧被迫还俗，喜饶嘉措大师不幸于1968年在青海被折磨致死，周叔迦居士郁郁而终，中国佛教教育事业损失严重。
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