中国佛学院是中国汉传佛教的最高学府，是全国汉语系僧才培训体制的最高层次，直属中国佛教协会管理。多年来，中国佛学院始终把科学合理、规范有序的管理看作是佛教教育事业兴衰成败的重要因素之一。在五十年的办学过程中，不断吸收、借鉴和运用先进的管理模式和经验，制订一套既符合教育管理的规律，又切合佛教院校实际的独具特色的管理办法，坚持从严治校，大力弘扬敬业和奉献精神，逐步建立和完善各项规章制度，建立健全一系列关于学院建设、教学、学生管理、后勤服务等各个方面的规章制度，使学院工作有章可循，不断加强学院的正规化建设，保证了各项教学工作有律有序地正常开展。2003年中国佛协换届后，中国佛学院加强组织建设，建立起了在思想修养、宗教学识和修持、组织领导能力上较强的，和合共事、联系群众、更为年青化的领导班子；配备了精干的有志献身佛教教育事业的教学行政管理人员；承纳中国佛教教育的底蕴，总结学院开办以来的经验教训，清醒认识面临的新形势和挑战，严格管理，严明纪律，发扬民主，生动活泼，秩序井然，使教学设备日渐完善，教学手段日趋先进，教学管理日益科学，已展现出现代化佛教教育的风姿。目前，中国佛学院根据现在的状况和规模，机构设置情况如下：